Η προστασία και η διατήρηση των υγροτοπικών εκτάσεων της Μικρής Πρέσπας απαιτούν, μεταξύ άλλων, την προσεκτική διαχείριση των υδάτων της. Για το λόγο αυτό, ήδη από την ίδρυσή της στις αρχές της δεκαετίας του 1990, η Εταιρία Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ) διεξάγει τακτική παρακολούθηση των βασικών παραμέτρων υδάτων, εφαρμόζοντας πρακτικές όπως η μέτρηση της στάθμης και της θερμοκρασίας της λίμνης, καθώς και η χρήση δίσκου Secchi για τη μέτρηση της θολερότητας ή της διαφάνειάς της.
Οι μετρήσεις αυτές συμβάλλουν στη λήψη αποφάσεων σχετικά με τη διαχείριση της στάθμης της λίμνης, η οποία πραγματοποιείται μέσω της λειτουργίας του υδατοφράκτη στη θέση Κούλα και σύμφωνα με τις συστάσεις του προγράμματος LIFE της ΕΠΠ (2002-2007). Οι εν λόγω μακροχρόνιες σειρές δεδομένων, σχετικά με τη στάθμη των υδάτων και άλλες παραμέτρους, αποτελούν ανεκτίμητη «πρώτη ύλη» για ποικίλες επιστημονικές έρευνες στην Πρέσπα, αφού επιτρέπουν τη μελέτη αυτών των παραγόντων σε σχέση με άλλα επιμέρους στοιχεία, όπως για παράδειγμα τις καιρικές συνθήκες και τη βροχόπτωση.
1991 έως σήμερα