Διακρίσεις
1999
Βραβείο Διατήρησης Υγροτόπων Ραμσάρ
``Οι δραστηριότητες της ΕΠΠ αποτελούν εξαιρετικό παράδειγμα πρωτοποριακής προσέγγισης στη διαχείριση υγροτόπων και στη συνεργασία σε τοπικό, εθνικό και διεθνές επίπεδο για τη βιώσιμη διαχείριση μιας περιοχής Ραμσάρ``.
2001
Περιβαλλοντικό βραβείο Goldman
Διεθνής βράβευση δύο κορυφαίων περιβαλλοντολόγων της ΕΠΠ, της Μυρσίνης Μαλακού και του Γιώργου Κατσαδωράκη, ως αναγνώριση της εξαιρετικής συμβολής τους στη διατήρηση των υγροτόπων της Πρέσπας, αλλά και στη δημιουργία του Διασυνοριακού Πάρκου Πρεσπών.
2009
LIFE- Φύση, Βραβείο “Best of the Best”
Το έργο LIFE-Φύση «Προστασία Ειδών Πτηνών Προτεραιότητας στη Λίμνη Μικρή Πρέσπα, Ελλάδα», που υλοποιήθηκε από την ΕΠΠ την περίοδο 2002-2007, αξιολογήθηκε από τα κράτη μέλη της Ε.Ε. ως ένα από τα πέντε καλύτερα έργα αυτής της κατηγορίας, μεταξύ των ομοιών τους που ολοκληρώθηκαν στην Ευρώπη την περίοδο 2007-2008.
2012
Φιναλίστ για το διεθνές βραβείο “Thiess International Riverprize”
Η ΕΠΠ βρέθηκε μεταξύ των 4 προτεινόμενων φιναλίστ οι οποίοι διεκδίκησαν το Thiess International Riverprize, που απονέμεται από το International River Foundation στην Αυστραλία. Η υποψηφιότητα της ΕΠΠ αφορούσε στο έργο ``Αποκατάσταση υγρών λιβαδιών για την προστασία της Λίμνης Μικρή Πρέσπα``.
2013
Βραβείο «Βύρων Αντίπας»
Η Ελληνική Εταιρεία Προστασίας της Φύσης (ΕΕΠΦ) τίμησε τη Μυρσίνη Μαλακού, διαχειρίστρια της ΕΠΠ, με το Βραβείο Βύρων Αντίπας 2013, για τη μακροχρόνια και ζωτική της προσφορά στην προστασία της φύσης και τη στήριξη της τοπικής κοινωνίας των Πρεσπών.
2014
Βραβείο LIFE - Nature “Best of the Best”
Η Εταιρία Προστασίας Πρεσπών τιμήθηκε από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για δεύτερη φορά, με το Βραβείο «Best of the Best» για την υλοποίηση του έργου LIFE + Ενημέρωση & Επικοινωνία «Ψάρια, Αλιεία & Ευρωπαϊκή Πολιτική στη Λεκάνη των Πρεσπών».
2016
