Το Κέντρο Πρεσπών για τον Άνθρωπο και τη Φύση (ΚΠΑΦ) ιδρύθηκε το 2004 ως διακριτό τμήμα της Εταιρίας Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ). Πρόκειται στην ουσία για ένα Κέντρο Τεκμηρίωσης για τη φυσική και πολιτιστική κληρονομιά του συνόλου της λεκάνης της Πρέσπας. Η αποστολή του ΚΠΑΦ είναι διττή: αφενός, να συγκεντρώσει, να αρχειοθετήσει και να διαθέσει στο κοινό το σύνολο της γνώσης σχετικά με την κληρονομιά της Πρέσπας και, αφετέρου, να ενθαρρύνει και να προωθήσει μια ενιαία, ολοκληρωμένη αντίληψη της σχέσης Ανθρώπου και Φύσης στην περιοχή. Ευελπιστούμε ότι η προσέγγιση αυτή είναι ικανή να οδηγήσει στην κατανόηση της σχέσης ανάμεσα στη φύση και τον πολιτισμό, δημιουργώντας πρόσφορο έδαφος ώστε να αναπτυχθούν συνέργειες μεταξύ των δύο και συμβάλλοντας στην αποτελεσματικότερη διαφύλαξη των μοναδικών φυσικών και πολιτιστικών αξιών της περιοχής.
Το αρχείο του ΚΠΑΦ περιέχει, σε αντίγραφα ή πρωτότυπα, σε έντυπη ή ηλεκτρονική μορφή, όλες τις εργασίες που αφορούν τη φύση, την ιστορία και τον πολιτισμό της ευρύτερης περιοχής της Πρέσπας και στα τρία κράτη, και επικαιροποιείται ανά τακτά χρονικά διαστήματα. Είτε με μορφή κειμένων, είτε με μορφή φωτογραφιών/ διαφανειών και xαρτών, όλο το υλικό (εργασίες δημοσιευμένες και αδημοσίευτες ή εργασίες που κυκλοφορούν σε περιορισμένα αντίτυπα, άρθρα, βιβλία ή αποσπάσματα βιβλίων, παλαιές και δυσεύρετες εργασίες, χάρτες, αναφορές ερευνητικών ή άλλων προγραμμάτων) που φυλάσσεται στο αρχείο είναι οργανωμένο έτσι ώστε η πρόσβαση σε αυτό να καθίσταται εύκολη και η διαχείρισή του απλούστερη.
Το αρχείο φιλοξενείται στο κτίριο της ΕΠΠ στον Λαιμό Πρεσπών. Κατά την περίοδο 2007-2008 δημιουργήθηκε μια βάση δεδομένων (ΑΒΕΚΤ5.5) με όλο το υλικό του κέντρου, καθώς και όλες τις γνωστές επιστημονικές εργασίες και δημοσιεύσεις που αφορούν την περιοχή της Πρέσπας.
Το ΚΠΑΦ αποτέλεσε επίσης επιστέγασμα για έργα πολιτιστικής αποκατάστασης, όπως η αποκατάσταση του παραδοσιακού κτιρίου που στεγάζει τα γραφεία της ΕΠΠ στον Λαιμό και το Κέντρο Πρεσπών για τον Άνθρωπο και τη Φύση, ή η αποκατάσταση της βυζαντινής εκκλησίας της Αγίας Άννας, που ανακαλύφθηκε μετά από πτώση της στάθμης της Μικρής Πρέσπας. Επιπλέον, με την παροχή υλικού για την Πρέσπα μέσω του ΚΠΑΦ, η ΕΠΠ υποστήριξε το Μεσογειακό Ινστιτούτο για τη Φύση και τον Άνθρωπο (MedINA) για την δημιουργία της έκδοσης με θέμα «Δράση για τον πολιτισμό στους μεσογειακούς υγροτόπους» το 2008. Στην ίδια έκδοση ο 2011 συμπεριλήφθηκαν και οι εισηγήσεις του συνεδρίου «Πολιτισμός και υγρότοποι στη Μεσόγειο: μια εξελισσόμενη ιστορία», το οποίο φιλοξενήθηκε στην Πρέσπα και επίσης υποστηρίχθηκε από την ΕΠΠ.
Αναφερόμενη στο συνολικό έργο του ΚΠΑΦ, η ΕΠΠ θα ήθελε να αναγνωρίσει ιδιαίτερα την ανεκτίμητη συμβολή και έμπνευση του επίτιμου προέδρου της, Θύμιου Παπαγιάννη, για τον οποίο η αφοσίωση στο ζήτημα του πολιτισμού και των υγροτόπων αποτέλεσε έργο ζωής- ένα έργο στο οποίο επιδόθηκε με τον πλέον υποδειγματικό και εξαίρετο τρόπο.
2004 έως σήμερα