Αναγνωρίζοντας τη σπουδαιότητα του οικοτόπου της Πρέσπας, η Εταιρία Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ) ολοκλήρωσε μια διετή μελέτη για τις περιοχές Natura 2000 που απαντώνται στο Εθνικό Πάρκο Πρεσπών κατά την περίοδο 2010-2011. Το Natura 2000 είναι το πανευρωπαϊκό δίκτυο προστασίας των ειδών και των ενδιαιτημάτων τους. Περιλαμβάνει βασικές περιοχές αναπαραγωγής και φιλοξενίας σπάνιων και απειλούμενων ειδών, καθώς και ορισμένους σπάνιους φυσικούς τύπους οικοτόπων που προστατεύονται από μόνοι τους. Εκτείνεται και στις 27 χώρες της ΕΕ, τόσο στη στεριά όσο και στη θάλασσα. Στόχος του δικτύου είναι να διασφαλίσει τη μακροπρόθεσμη επιβίωση των πιο πολύτιμων και απειλούμενων ειδών και οικοτόπων της Ευρώπης, που περιλαμβάνονται τόσο στην οδηγία για τα πτηνά όσο και στην οδηγία για τους οικοτόπους.
Στο πλαίσιο της μελέτης, στην ελληνική Πρέσπα εντοπίστηκαν 49 διαφορετικοί τύποι οικοτόπων, με 29 σημαντικούς και 7 τύπους οικοτόπων προτεραιότητας (σύμφωνα με το ΠΑΡΑΡΤΗΜΑ Ι της Οδηγίας για τους Οικοτόπους), καθώς και η σημασία τους και οι απειλές που αντιμετωπίζει κάθε οικότοπος αναλυτικά, εστιάζοντας σε συγκεκριμένες προτάσεις διατήρησης για αρκετούς δασικούς και ποιμενικούς οικοτόπους. Οι τύποι οικοτόπων δεν βρίσκονταν μόνο εντός του Εθνικού Πάρκου Πρεσπών, αλλά και εκτός των ορίων του, καθώς παρατηρήθηκε ότι σημαντικοί τύποι οικοτόπων και τύποι οικοτόπων προτεραιότητας εκτείνονται πέραν των υφιστάμενων ορίων και επηρεάζονται από δραστηριότητες που προέρχονται εκτός του εθνικού πάρκου.
Η μελέτη αποτέλεσε έκτοτε μια κρίσιμη και ισχυρή βάση για το έργο προάσπισης και άσκησης πίεσης της ΕΠΠ σε σχέση με τους οικοτόπους, και επικαιροποιήθηκε εν μέρει για τους οικοτόπους της ακτογραμμής το 2021. Επιπλέον, στο πλαίσιο ενός προγράμματος του δικτύου PrespaNet (Strengthening NGO-led Conservation in the Transboundary Prespa Basin) το 2021 εκπονήθηκε επίσης μια πολυμετοχική μελέτη για τους οικοτόπους της ακτογραμμής σε διασυνοριακό επίπεδο και στις τρεις χώρες. Ο επικαιροποιημένος χάρτης τύπων οικοτόπων που παρήχθη από τη μελέτη του 2011 αποτέλεσε επίσης μια σταθερή επιστημονική βάση για να θεμελιωθεί το σχέδιο διαχείρισης βόσκησης για την Πρέσπα που συνδημιουργήθηκε από τον Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Πρεσπών (ΦΔΕΠΠ) και την Περιφέρεια Δυτικής Μακεδονίας το 2015, με στόχο τη ρύθμιση των χωρικών δραστηριοτήτων βόσκησης εντός του Εθνικού Πάρκου Πρεσπών με βάση τη δυναμική κάθε τύπου οικοτόπου.
2010 - 2011