Η στρατηγική πολιτικής για τα ύδατα της Εταιρίας Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ) αφορά ένα ευρύ φάσμα εργασιών που σχετίζονται με τη διευκόλυνση, την ανταλλαγή πληροφοριών, την άσκηση πίεσης και την προάσπιση, την ευαισθητοποίηση και την ανάπτυξη υποδομών σε εθνικό και διασυνοριακό επίπεδο.
Στην Ελλάδα, παράλληλα με την εκπόνηση Σχεδίων Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής Ποταμού για τα 14 εμπλεκόμενα ελληνικά διαμερίσματα, το Υπουργείο Περιβάλλοντος ζήτησε την εκπόνηση ενός διακριτού σχεδίου διαχείρισης της λεκάνης απορροής της Πρέσπας, το οποίο θα ενσωματωθεί στο Σχέδιο Διαχείρισης του Υδατικού Διαμερίσματος Δυτικής Μακεδονίας.
Η συγκεκριμένη ανάθεση, η οποία αποτελεί, σε εθνικό επίπεδο, το μοναδικό Σχέδιο Λεκάνης Απορροής Ποταμού που αφορά υπολεκάνη, ήταν το επιτυχές αποτέλεσμα εντατικών προσπαθειών πίεσης από μέρους της ΕΠΠ – προσπάθειες οι οποίες εδράστηκαν στην περιβαλλοντική μοναδικότητα και τον διασυνοριακό χαρακτήρα της λεκάνης.
Μια σημαντική, μακροπρόθεσμη δραστηριότητα που έχει αναπτυχθεί στο πλαίσιο αυτής της στρατηγικής είναι η διεκδίκηση και η εξασφάλιση τεχνικής υποστήριξης για τη μετατροπή του υφιστάμενου αρδευτικού συστήματος σε στάγδην άρδευση, προκειμένου να μειωθούν τόσο η άντληση νερού από τη Μικρή Πρέσπα, όσο και οι εισροές θρεπτικών ουσιών στην ίδια λίμνη από την επιφανειακή απορροή των αρδευτικών υδάτων.
Κατά την τρέχουσα περίοδο ολοκληρώνεται η εγκατάσταση του συστήματος στάγδην άρδευσης. Η ΕΠΠ άσκησε επίσης πιέσεις διεκδικώντας περιβαλλοντικά βιώσιμη επεξεργασία λυμάτων στην περιοχή, και την τελευταία δεκαετία κατασκευάστηκαν εγκαταστάσεις επεξεργασίας λυμάτων από καλαμιώνες, οι οποίες εξυπηρετούν τη σημαντική πλειοψηφία του πληθυσμού του Δήμου Πρεσπών.
2018 έως σήμερα