Τα ψάρια αποτελούν ένα εξαιρετικά σημαντικό χαρακτηριστικό της Πρέσπας, λόγω του υψηλού επιπέδου ενδημισμού ή μοναδικότητας των ειδών που ζουν στις λίμνες της. 23 είδη ψαριών έχουν βρεθεί στις λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα, εκ των οποίων 9 είδη ή υποείδη είναι τοπικά ή περιφερειακά ενδημικά, συμπεριλαμβανομένης της απειλούμενης με εξαφάνιση πέστροφας της Πρέσπας, και για τον λόγο αυτό προστατεύονται από την ευρωπαϊκή και εθνική νομοθεσία. Τα εν λόγω μοναδικά είδη ψαριών προέκυψαν ως αποτέλεσμα της μακροζωίας των λιμνών, οι οποίες έχουν ηλικία εκατομμυρίων ετών και είναι από τις παλαιότερες στην Ευρώπη. Ο μεγάλος χρόνος ζωής, σε συνδυασμό με τον διαχωρισμό των λιμνών από άλλα υδάτινα σώματα, επέφερε την εξέλιξη αυτών των μοναδικών ειδών ψαριών, τα οποία έχουν προσαρμοστεί πλήρως στις ιδιαιτερότητες του φυσικού περιβάλλοντος της Πρέσπας.
Η παρουσία αυτών των μοναδικών ειδών ψαριών συνέβαλε στο να συγκαταλέγεται η Πρέσπα μεταξύ των δέκα σημαντικότερων υγροτόπων της Μεσογείου για τον ενδημισμό των ψαριών των γλυκών νερών, σύμφωνα με την «Κόκκινη λίστα των Ψαριών Γλυκού Νερού της Μεσογείου» της Διεθνούς Ένωσης για τη Διατήρηση της Φύσης (IUCN). Όλα τα ενδημικά είδη ψαριών της Πρέσπας, εκτός από τον κέφαλο, έχουν χαρακτηριστεί ως “τρωτά” ή “κινδυνεύοντα”, σύμφωνα με την προαναφερθείσα λίστα. Από την άλλη πλευρά, τα ψάρια αποτελούν την κύρια λεία της μοναδικής κοινότητας των υδρόβιων πτηνών των λιμνών, ιδίως των πολυάριθμων ιχθυοφάγων πουλιών. Επιπλέον, η τοπική αλιεία, η οποία επίσης ρυθμίζει ως ένα βαθμό την κατάσταση των πληθυσμών, αποτελεί μια σημαντική, αν και σε μεγάλο βαθμό συμπληρωματική, οικονομική δραστηριότητα που υφίσταται εδώ και αιώνες.
Η σημαντική ιχθυοπανίδα των δύο λιμνών αντιμετωπίζει μια σειρά από απειλές, οι οποίες περιλαμβάνουν μεταβολές της ποιότητας του νερού, δηλαδή θρεπτική και άλλη ρύπανση που προέρχεται από γεωργικά, αστικά και βιομηχανικά απόβλητα, καθώς και παράγοντες που επηρεάζουν αρνητικά τα ενδιαιτήματά τους, ιδίως τους τόπους αναπαραγωγής τους. Υποφέρουν επίσης από άλλες ανθρωπογενείς απειλές, όπως η εισαγωγή μη ιθαγενών χωροκατακτητικών ειδών ψαριών.
Από το 1991, η Εταιρία Προστασίας Πρεσπών (ΕΠΠ) παρακολουθεί συστηματικά την εξέλιξη των ιχθυοπληθυσμών στις λίμνες και τους ποταμούς της Πρέσπας, προκειμένου να εξασφαλίσει την προστασία και τη διαφύλαξή τους. Η παρακολούθηση γίνεται μέσω δειγματοληπτικών ερευνητικών μεθόδων και σε συνεργασία με το γαλλικό ερευνητικό ινστιτούτο Tour du Valat- ιδιαίτερα για την ενδημική πέστροφα των Πρεσπών, είδος με το οποίο το ινστιτούτο ασχολείται από τα μέσα της δεκαετίας του 1980. Το συνεχιζόμενο πρόγραμμα παρακολούθησης των ψαριών έχει παράσχει πολύτιμα στοιχεία σχετικά με τις ανάγκες, τις τάσεις και τις προτιμήσεις των πληθυσμών κάθε είδους. Τα αποτελέσματα που έχουν συλλεχθεί είναι μοναδικά για την περιοχή και συνεχίζουν να αξιοποιούνται από τον Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Πρεσπών (ΦΔΕΠΠ), καθώς και από άλλους αρμόδιους φορείς κατά τη λήψη διαχειριστικών αποφάσεων.
Προκειμένου να καταγράψει τις απειλές που αντιμετωπίζει η πέστροφα των Πρεσπών και να προτείνει μέτρα προστασίας, η ΕΠΠ έχει μελετήσει και παρακολουθήσει το είδος από το 1998. Μεταξύ του 2005 και του 2008, οι οι πληθυσμοί της πέστροφας έγιναν αντικείμενο εντατικής έρευνας στα ποτάμια όπου απαντώνται στην Ελλάδα και στη Βόρεια Μακεδονία, στα πλαίσια επιπρόσθετης συνεργασίας με την περιβαλλοντική οργάνωση BIOECO. Οι έρευνες αυτές κατέληξαν σε ένα Σχέδιο Δράσης για την Πέστροφα που περιλαμβάνει τις υπάρχουσες επιστημονικές πληροφορίες για το είδος, και περιγράφει προτεινόμενα μέτρα για την προστασία του. Επιπλέον, ένα πρόγραμμα που εστίασε στη βιολογία και την οικολογία της ενδημικής μπράνας (Barbus prespensis) των Πρεσπών, ολοκληρώθηκε με τη σύνταξη ενός Σχεδίου Δράσης για το είδος, περισσότερο από το μισό του οποίου έχει εφαρμοστεί με επιτυχία.
Εισήγηση για την αλιεία στις λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα: 2015, 2016, 2017, 2018, 2019
Παρακολούθηση ιχθύων στις εκβολές ρεμάτων 2020
Παρακολούθηση χρήσης των εκβολών των ρεμάτων από ψάρια και υδρόβια πουλιά
Catsadorakis, G., Malakou, M., Crivelli, A.J. (1996). The Prespa barbel. ISBN: 2-910368-18-1
1985 έως σήμερα
Barbel Action Plan: Tour du Valat
Trout Action Plan: Tour du Valat
BIOECO (MKD)
Society for the
Sustainable Development
of Brajcino (MKD)